Barcelone, 1532, Esteban, 12 ans, apprend qu'il est un enfant trouvé en mer par un certain Mendoza. A la suite de la mort du père Rodriguez, son tuteur, il décide de partir à la recherche de ses origines.
Esteban est monté à bord de l'Esperanza. Il fait alors la connaissance de Zia, une jeune inca, capable de lire les quipu. Mais les enfants sont rapidement découverts.
L'Esperanza se prépare à affronter le terrible détroit de Magellan. Mendoza est le seul à pouvoir diriger le navire durant cette longue et difficile épreuve
Le bateau ne résiste pas à une énorme tempête. Tandis que le commandant et l'équipage s'enfuient, Mendoza, Sancho et Pedro tentent de libérer Esteban et Zia enfermés au fond de la cale.
Esteban, Zia, Mendoza, Sancho et Pedro ont échoué sur l'île des Galapagos. Mais ils ne sont pas seuls et une mystérieuse créature semble les observer...
Nos amis font la connaissance de Tao, un jeune garçon qui prétend descendre du très ancien peuple de Mu. Ce dernier savait qu'ils viendraient un jour sur son île
C'est à bord du fabuleux bateau le Solaris, que le petit groupe part rejoindre le Nouveau Continent. Mais ils sont poursuivis par les Espagnols.
Pendant que Pizarro force Zia à déchiffrer un quipo, Esteban, Tao, Sancho et Pedro sont faits prisonniers. Quant à Mendoza, il est chargé de faire parler Zia...
Nos héros ont réussi à s'échapper et retrouvent le Solaris. Pour se venger, les Espagnols décident d'attaquer le village de Tohaka. Dans le même temps, le galion de Gômez se rapproche dangereusement
Zia veut retrouver le chemin de son village. L'unique moyen d'y parvenir est de trouver un passage secret caché à l'intérieur même du fort gardé par les Espagnols.
Les trois amis arrivent au village de Zia malheureusement déserté par ses habitants. Ils sont capturés par Gomez et Gaspard qui les enferment dans un temple.
Gomez et l'armée espagnole partent à la poursuite d'Esteban, Tao et Zia ont fuit le village inca et se sont réfugié au fort de l'Aigle Noir. Gomez décide alors de l'attaquer.
Au Vieux Pic, nos amis découvrent un cadran solaire et un globe céleste qui ont une signification mystérieuse, Esteban y trouve aussi une surprise : il rencontre quelqu'un qui connaît son père...
Esteban retourne au fort de l'Aigle Noir pour récupérer la partie manquante de son pendentif détenue par Mendoza. Le médaillon est en effet la clé qui ouvrira les Cités d'Or.
Pour récupérer le canon que leur a volé Mendoza, Gomez et ses soldats attaquent de nouveau le fort. Esteban et ses amis réussisent à s'enfuir vers le Vieux Pic.
Nos héros continuent à marcher sur le plateau des Indes. Mais soudain, ils sont attaqués par les géants de la tribu des Urubus du lac Titicaca...
Pour se venger, les Urubus cherchent à capturer Zia. Le seul moyen de leur échapper est de traverser la Vallée de la Mort afin de rejoindre la montagne Pachamama où se trouverait la première Cité d'Or
Esteban et ses compagnons viennent de découvrir le Grand Condor. Sur le quipu qu'il prote dans son bec, ils déchiffrent un message annonçant un grand danger...
Le Grand Condor emmène nos amis vers l'Ouest, en suivant le soleil. A la tombée de la nuit le Condor atterit. Mais l'armée espagnol de Pizarro surgit alors...
Nos héros retournent au Vieux Pic pour obtenir des renseignements sur les pays Maya. Sur place ils découvrent que Gomez et ses hommes tentent de prendre l'assaut de la vieille ville.
Le Grand Condor traverse un orage et doit soudain se poser en pleine jungle amazonienne. Nos amis reprennent leur marche quand soudain, deux femmes apparaissent. Ils sont alors emmenés dans un village...
Morka, la petite guerrière d'Amazone, demande à Esteban del'aider. Elle doit être offerte en sacrifice au Dieu de la Pluie par Omuro, la grande Prêtresse.
Le levier de commande du Grand Condor cesse de fonctionner et nos amis font un atterrissage forcé dans une grotte. Ils y trouvent un mystérieux masque de jade.
Esteban et ses amis tentent de trouver enfin la clé du mystère à l'aide d'un vieux parchemin. Mais ils sont capturés par le Docteur et Marinché, deux personnes qui sont aussi à la recherche des Cités d'Or.
Esteban et ses compagnons ont pu semer Fernando et Marinché, mais ils sont de nouveau capturés par des Indiens qui veulent les offrir en sacrifice. Ils ont jusqu'au lever du jour pour trouver une solution.
Nos héros partent à la recherche d'une autre ville dont parle le manuscrit située à l'est du marais du Dieu de la Pluie. Mais ils sont attaqués par des alligators.
Nos amis ont enfin trouvé l'ancienne capitale des Mayas. Mais Marinché et le Docteur les y attendent déjà. Ils capturent Zia et réclament le parchemin.
Le voyage continue. Il s'agit maintenant de trouver une forêt de statues de pierre. Comme ils arrivent en vue d'un fleuve, Mendoza suggère de construire un radeau pour aller plus vite...
En cherchant une montagne en forme de "bouclier fumant", nos compagnons découvrent un univers totalement étranges et nouveau : celui des Olmèques, dont la science défie l'imagination. Mais qui sont-ils ?
Afin d'arrêter leur inexorable vieillissement, les Olmèques ont capturé nos trois amis afin de transplanter leur jeunes cellules sur les membres de leur peuple.
A peine Esteban et ses amis ont-ils réussi à s'échapper que les Olmèques se lancent à leur poursuite. Mais Viracocha, un jeune Maya, vient à leur secours...
Esteban et ses compagnons partent récupérer le Grand Condor. Pendant ce temps, les Olmèques s'apprêtent à attaquer le village de Viracocha dont ils connaissent à présent l'emplacement.
Blessé pendant le dur combat contre le peuple Olmèque, Papacamayo révèle à Zia, sa fille, l'emplacement de la Cité d'Or. Mais le vieil homme meurt peu après...
Tous les villages Mayas s'unissent pour attaquer les Olmèques. Esteban et ses compagnons font de leur mieux pour les aider avec le Grand Condor.
Esteban et ses fidèles amis s'introduisent une fois de plus dans la base des Olmèques. Mais ils sont aussitôt capturés par Ménator et Balmèque...
Pour délivrer Zia retenue prisonnière par Ménator, Esteban et Tao doivent affronter l'énorme machine volante des Olmèques. Un véritable duel aérien s'engage alors avec le Grand Condor.
Esteban et ses amis réussisent à échapper aux Olmèques. Un homme portant un étrange masque leur propose de les aider. De plus, il affirme être le Grand Prêtre de la Cité d'Or...
Les Olmèques poursuivent leur combat avec beaucoup d'acharnement dans le seul but de s'emparer du Grand Héritage qui est caché au coeur de la Cité d'Or.
Les Olmèques déclenchent le fonctionnement du Grand Héritage. Mais un incident se produit au cours de l'expérience. Le Grand Prêtre de la Cité d'Or veut arrêter le processus tant qu'il en est encore temps.
